脂肪酸（FAs）是脂质的主要成分，脂质类的物理、化学和生理特性主要取决于其脂肪酸组成。脂肪酸的组成通过气相色谱法对甲酯化脂肪酸进行测定得到。反式脂肪酸是一种不饱和脂肪，在自然界中少量存在，但从1950年代开始从植物脂肪广泛工业生产，用于人造黄油、包装的焙烤食品、休闲食品和油炸快餐中。事实证明，反式脂肪酸一直与冠心病（西方国家的主要死亡原因）的风险增加相关。
总反式脂肪酸分析
GC-MS提供了大量手段用于FA的定性表征。例如，通过70 eVEI电离法，可实现FA的吡咯化物、二甲基恶唑啉、吡啶啉基、五氟二甲基甲硅烷基和三甲基甲硅烷基衍生物分析，可用于结构确定。这些不太常见的FA衍生物的EI电离可在定位FA的支链位置和不饱和位置方面产生不同的碎裂片段。通过EI-MS对甲酯化的脂肪酸定量分析的Z_U_I简单的方法可以通过监测一系列涵盖分析物预期碎片的质荷比（m/z）值来进行，根据总离子计数（TIC）色谱图中色谱峰的积分来确定含量。
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