如何进行Shotgun蛋白组学样本前处理与酶切策略优化？

在Shotgun蛋白组学中，质谱仪性能至关重要，但前端样本处理与蛋白酶解策略往往才是决定实验质量的dìyī道关卡。尤其是在面对复杂、生物学异质性强的样本类型（如组织、体液、临床样本）时，样本前处理策略是否得当，直接影响蛋白提取效率、肽段覆盖度及zuì终蛋白鉴定数量。

样本前处理

1、样本裂解：zuì大化释放全蛋白

Shotgun蛋白组学不同样本类型所需裂解条件差异显著：

（1）细胞样本：通常使用含SDS或尿素的裂解液，辅以超声波或机械匀浆。

（2）组织样本：需先冷冻研磨，结合强裂解缓冲液（如RIPA、8 M尿素）以破坏细胞结构。

（3）血清/血浆：由于高丰度蛋白干扰，建议加入去除白蛋白/球蛋白的富集步骤。

优化建议：

• 保持全程低温操作，避免蛋白降解。

• 添加蛋白酶抑制剂与磷酸酶抑制剂，保留翻译后修饰（PTMs）。

• 采用滤筒法（FASP）或磁珠法（SP3）等可大幅提高裂解效率与后续兼容性。

2、蛋白质定量：jīngquè输入，保障批次一致性

（1）推荐使用BCA法进行定量，兼容多数裂解液组分。

（2）每组样本输入量建议在50–100 μg蛋白，避免过量或不足影响酶解效率。

酶切策略优化

1、选择合适的蛋白酶与酶切方式

Shotgun蛋白组学zuì常用的是胰蛋白酶（Trypsin），其识别位点为K/R（除P后），优势在于：

（1）酶切特异性高

（2）得到的肽段适合MS分析（500–3000 Da）

为提高覆盖率，可采用联合酶切策略：

2、控制酶解参数：时间、温度与酶比的平衡

注意：

• 使用MS-grade高纯度胰蛋白酶，避免非特异切割污染。

• 酶切过程可在离子交换缓冲液或AmBic缓冲液中进行，提高后续MS兼容性。

肽段净化与脱盐

1、酶解完成后，需去除以下干扰因素：

（1）盐离子（Na⁺、Cl⁻）

（2）胶体杂质（SDS、尿素）

（3）小分子代谢物或缓冲组分

2、常用方法：

（1）C18反相固相萃取柱（SPE）：保留肽段，去除盐分。

（2）StageTip或OMIX tips：微量样本高效脱盐。

（3）磁珠富集法（如SP3）：自动化兼容性好，适用于高通量实验。

（4）脱盐后的肽段浓度建议： 0.5–1 μg/μL，适合纳流液相进样浓度范围。

百泰派克生物科技Shotgun蛋白组学，样本处理解决方案

百泰派克生物科技针对不同样本类型（组织、细胞、血清、外泌体等）开发了模块化的前处理流程，确保蛋白提取zuì大化、酶解效率稳定，并实现以下关键质量控制：

✅ 自动化样本裂解平台，适配96孔处理模式，提升大规模项目效率

✅ 采用高纯度MS级蛋白酶与双酶酶解体系，覆盖率提升15%以上

✅ 标准化酶解QC流程，包括肽段长度分布、酶解效率比率等质量评估

✅ 样本处理全流程兼容Label-Free、TMT、DIA等多种定量策略

✅ 提供前处理+质谱一站式服务，避免跨平台误差，数据质量更具一致性

Shotgun蛋白组学的成功不仅依赖质谱平台性能，更依赖样本前处理和酶切策略的科学设计与严谨执行。通过优化裂解方案、jīngzhǔn控制酶解参数与有效去除干扰物，可以显著提高蛋白鉴定数量、数据重复性与下游生物信息分析的可信度。百泰派克生物科技致力于提供稳定可靠、可追溯、可量化的Shotgun蛋白组学分析服务。欢迎联系我们获取项目评估、流程建议或样本预处理标准操作方案，助您轻松迈入高质量蛋白组学研究的大门。

百泰派克生物科技特色项目

蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.zhuānyè生物信息学分析，分析更系统准确。

单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，zuì后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标进行表征，百泰派克生物科技可做到检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从zuì小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等zhuānyè服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，zhuānyè提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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