TMT 16plex 定量蛋白质组学完整工作流程解析

在系统生物学研究中，蛋白质定量是解析生命过程动态变化的关键步骤。传统的标签自由（label-free）方法操作简便，但在数据一致性、批间差控制等方面存在挑战。Tandem Mass Tag（TMT）标记技术以其高通量、低批间差、定量精度高等优势，已成为多样本定量蛋白质组学的主流方案之一。

一、TMT 16plex 技术原理概述

TMT（Tandem Mass Tag）是一种基于异重同分异构体标签（isobaric tags）的化学标记方法。所有 TMT 标签在 MS1 水平具有相同质量，但在 MS2 碎裂后释放出具有不同质量的 reporter ion，从而实现多重定量。

TMT 16plex 的优势：

• 高通量：一次实验zuì多分析16个样本；

• 高重复性：显著降低技术变异；

• 适用范围广：适配组织、细胞、血清、脑脊液等复杂样本；

• 数据整合性强：更适合临床样本和多时间点实验设计。

二、完整实验流程详解

1、样本蛋白提取与定量

优质蛋白提取是成功定量的dìyī步。根据样本类型，选择合适的裂解缓冲液，确保蛋白回收率高、降解少、污染物低。

• 建议使用 RIPA 缓冲液或 SDS 缓冲液搭配超声裂解；

• 蛋白浓度定量建议采用 BCA 法，确保样本间输入量一致。

2、蛋白还原、烷基化与酶解

蛋白质需要经过还原（DTT）与烷基化（IAA）处理，打断二硫键并封闭巯基，以保证后续胰蛋白酶酶解的充分性。

• 胰酶酶解条件常设为 1:50（酶：蛋白），37°C 过夜；

• 酶解产物可通过 C18柱进行脱盐处理，去除干扰物。

3、TMT 16plex 标记反应

将每个样本分别溶解于 TMT 溶剂中，与胰酶解产物反应，30~60分钟内完成标记，并通过 LC-MS 或试纸条验证标记效率。

• 确保所有样本标记效率 >95%；

• 混合前需等比例整合样本，避免信号偏差。

4、高 pH 反相分级（High-pH RPLC）

由于质谱的离子抑制效应限制了每次进样可检测的肽段数量，通常在TMT混合样本后进行高 pH 条件下的分级，以提升蛋白覆盖度和定量深度。

• 可根据研究需求选择 8~24 个分级数；

• 分级可显著减少样本复杂性，提高低丰度蛋白的检测概率。

5、LC-MS/MS 分析（质谱检测）

质谱平台选择决定了实验灵敏度和数据质量。TMT 16plex 通常建议采用具备高分辨率和高扫描速率的 Orbitrap 质谱仪（如 Exploris 480、Fusion Lumos 等）。

• LC 梯度常设为 90~120min，平衡分离效率与分析时间；

• MS3 模式（如 SPS-MS3）可有效降低 TMT reporter ion 的比值压缩效应，提升定量准确性。

6、数据分析与生物信息学挖掘

原始质谱数据通过软件（如 Proteome Discoverer、MaxQuant）进行定性定量分析，并结合多组学或临床信息进行深入挖掘。

• 通常以 1% FDR 控制蛋白鉴定可靠性；

• 结合 GO、KEGG、PPI 网络构建等进行功能注释和通路富集；

• 可开展差异蛋白筛选、聚类分析、机器学习建模等多层次分析。

三、常见问题与优化建议

四、百泰派克生物科技的TMT定量蛋白质组服务优势

作为生命科学技术服务的zhuānyè提供商，百泰派克生物科技构建了涵盖 TMT 实验设计、样本处理、质谱检测、数据分析到生物学解读的一站式平台。

我们的优势包括：

• 多平台质谱系统：Orbitrap Exploris 480、Lumos、QE HF 等dǐngjiān设备；

• 自研高效分级与富集方法：提升低丰度蛋白检出率；

• 高水平数据解析团队：支持深度挖掘与可视化报告输出；

• 灵活项目合作模式：支持从单样本试运行到上百样本规模化项目。

TMT 16plex 技术以其高通量、高精度的特点，正逐渐成为定量蛋白质组学的标准方法。从样本准备到数据挖掘，每一个环节的细致打磨，都是确保研究成功的关键。百泰派克生物科技致力于为广大科研人员提供高质量、可重复、具有生物学解释力的蛋白质组数据支持。欢迎联系我们，共同推动jīngzhǔn生命科学研究！

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.zhuānyè生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，zuì后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标进行表征，百泰派克生物科技可做到检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从zuì小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等zhuānyè服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，zhuānyè提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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