公司是可以登记合作开发软件的计算机软件著作权的著作人的，以下是具体的规定和方式：
协商确定代表登记
根据《计算机软件著作权登记办法》规定，合作开发的软件进行著作权登记时，可以由全体著作权人协商确定一名著作权人作为代表办理。如果公司是合作开发方之一，经与其他合作开发者协商达成一致，确定由该公司作为代表来申请登记软件著作权，那么公司就可以在申请表及相关材料中以著作权人的身份进行登记，并在签章时加盖公司公章。
单独申请并注明其他著作权人
若合作开发的各方无法协商一致确定代表，任何著作权人均可在不损害其他著作权人利益的前提下申请登记，但应当注明其他著作权人。公司在这种情况下也可以单独提出申请，需要在申请材料中如实注明其他合作开发的著作权人信息。
依据合同约定确定著作权归属及登记
合作开发的软件，其著作权的归属由合作开发者签订的书面合同约定。如果书面合同明确约定著作权归属于公司，或者约定公司享有主要的著作权权益等情况，那么公司依据合同就可以作为著作权人进行登记。