北京市通州区办理连锁酒店特行许可证手续的详细流程通常包括以下步骤：
咨询与准备：前往通州区公安分局或派出所进行咨询，了解特行经营许可证的申请程序和所需材料。根据要求准备齐全的申请材料，包括申请书、营业执照副本、法定代表人身份证明、特种行业经营申请登记表等。
提交申请：将准备好的申请材料提交给通州区公安分局或派出所，并进行初步审核。
现场审查：公安部门会对提交的申请材料进行审核，并安排现场审查。他们会检查酒店的设施、安全条件等是否符合相关要求。
等待审批结果：公安部门会在规定的时间内对申请进行审批，并给出审批结果。如果申请通过，您将获得连锁酒店特行许可证。
至于卫生许可证的代办服务，虽然有些代办机构可能声称能在3天内办结，但具体的办理时间还是取决于多个因素，如申请材料的准备情况、审批部门的工作效率等。通常情况下，整个办理流程可能需要一定的时间。
为了确保顺利办理，建议您选择正规的代办机构，并提前了解他们的服务内容和办理时间。同时，您也可以自行前往通州区食品药品监督管理局（或其他相关部门）咨询和办理相关手续，以获取更准确的信息。