LFQ和iBAQ有什么区别？

在定量蛋白质组学研究中，LFQ（uantification） 与 iBAQ（intensity-Baseduantification） 是两种常见但本质不同的定量策略。两者虽都基于 DDA（Data-Dependent Acquisition）质谱数据，但在定量目标、算法逻辑、结果解读等方面存在显著差异。理解它们的区别，有助于研究者根据项目需求选择合适的定量方案。

一、基本原理解析：LFQ vs. iBAQ

1、LFQ（uantification）

LFQ 是一种相对定量方法，用于比较多个样本中同一蛋白的丰度变化。其核心依据是：将蛋白质的肽段在不同样本中的 MS1 强度（通常是峰面积）进行归一化比对，从而推断表达差异。

（1）核心逻辑：关注同一蛋白在不同生物样本中的变化趋势

（2）输出结果：每个蛋白在不同样本中的归一化丰度值（无单位）

（3）关键特征：

• 不需要标记试剂，操作简便

• 适合大规模样本比较，如多组学条件筛选

• 对统计设计和数据质量要求较高

2、iBAQ（Intensity-Baseduantification）

iBAQ 属于一种准juéduì定量方法，用于估算不同蛋白之间的丰度比例。其计算方法是将一个蛋白质的所有鉴定肽段的 MS1 强度求和，并除以该蛋白理论可生成的肽段数。

（1）核心逻辑：反映样本中不同蛋白之间的摩尔浓度相对值

（2）输出结果：蛋白质相对摩尔丰度，可用于蛋白间定量比较

（3）关键特征：

• 考虑蛋白质长度与消化肽段数，有助于丰度校正

• 适合构建表达谱、模型建构、细胞组成推断等应用

• 更贴近“juéduì量”，但仍依赖质谱信号强度作为间接指标

二、核心区别一览表

三、LFQ vs. iBAQ：选择哪种方法？

如果研究目标是找出处理组 vs 对照组中差异表达的蛋白质，建议使用 LFQ，其在差异分析中表现更稳定。如果关注的是某个样本中各蛋白的丰度组成、功能比例、结构蛋白 vs 酶类蛋白的占比等信息，则 iBAQ 更具优势。这两种方法并不互相替代，而是服务于不同的科学问题。研究者可根据实验目的选择合适策略，必要时也可结合使用，以获取更全面的定量信息。

四、百泰派克生物科技的定量策略支持

在百泰派克生物科技，我们基于项目需求提供灵活的蛋白质组定量方案：

• 采用高分辨率质谱平台（如 Orbitrap Fusion Lumos）

• 支持 LFQ 与 iBAQ 双模式分析

• 提供全流程数据质控、统计分析与生物学解释支持

• 无论是机制研究、临床转化还是生物信息建模，我们都能为您提供高准确性、强可重复性的蛋白质组定量数据。

LFQ 关注的是组间变化，而 iBAQ 反映的是蛋白丰度结构。二者从定量维度、输出意义到适用场景均有不同。深入理解这些差异，有助于您更科学地设计实验并解读数据结果。如您有相关项目需求或技术咨询，欢迎联系百泰派克生物科技获取zhuānyè支持和一对一服务。

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.zhuānyè生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，zuì后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标进行表征，百泰派克生物科技可做到检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从zuì小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等zhuānyè服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，zhuānyè提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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