蛋白–蛋白相互作用分析技术概览

蛋白–蛋白相互作用（PPI）是细胞生命活动的核心驱动力，从信号转导到代谢调控、从结构支撑到免疫应答，几乎所有生物过程都依赖于蛋白质之间的jīngquè配对和动态调节。深入解析这些相互作用，不仅有助于理解正常生理状态下的分子机制，还能揭示疾病发生发展的关键调控节点。理解 PPI 网络，不仅是绘制细胞功能全景图的关键，也为新药靶点发现、疾病机制解析和生物标志物筛选提供了重要切入点。蛋白–蛋白相互作用分析技术既是揭示生命系统复杂性的重要工具，也是推动jīngzhǔn医学与分子药理学发展的关键支撑力量。

一、常用蛋白–蛋白相互作用分析研究策略

1、基于亲和捕获的技术（Affinity-Based Approaches）

（1）免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation, Co-IP）

① 原理：利用特异性抗体捕获目标蛋白及其结合伙伴。

② 优势：方法成熟、特异性高，适用于验证已知相互作用。

③ 局限性：难以捕获弱或瞬时相互作用，对抗体质量依赖大。

（2）Pull-Down 实验

① 通常使用带标签的重组蛋白作为“诱饵”，捕获结合蛋白。

② 适合体外验证直接相互作用，但可能偏离生理条件。

（3）亲和纯化结合质谱（Affinity Purification–Mass Spectrometry, AP–MS）

将亲和纯化与高分辨质谱相结合，可在接近生理状态下检测大规模相互作用网络。

2、基于交联的技术（Crosslinking Approaches）

化学交联质谱（Crosslinking Mass Spectrometry, XL–MS）

（1）原理：使用化学交联剂将相互作用的蛋白质在空间上固定，通过质谱解析交联位点。

（2）优势：可提供空间距离约束信息，有助于解析复合物三维结构。

（3）应用：膜蛋白复合物、动态装配体。

（4）挑战：数据解析复杂，需要高精度质谱与先进的软件算法。

3、基于双杂交系统的技术（Yeast Two-Hybrid, Y2H & Variants）

利用转录因子功能区分离与重组的原理，在酵母细胞内检测两蛋白是否相互作用。

（1）优势：可进行大规模文库筛选，发现未知相互作用。

（2）局限性：存在较高假阳性，需要后续生化验证。

4. 基于生物传感和实时检测的技术

（1）表面等离子体共振（Surface Plasmon Resonance, SPR）

• 无需标记，即可实时监测结合动力学（ka、kd、KD）

• 适合测量亲和力、动力学参数

（2）生物层干涉技术（Bio-Layer Interferometry, BLI）

与 SPR 类似，但仪器结构更简洁，通量更高。

5、高通量组学结合网络解析

• 蛋白质组学结合免疫共沉淀、AP–MS 或 XL–MS，可一次性绘制全局 PPI 网络

• 与转录组、代谢组数据整合，有助于理解 PPI 的调控机制与功能后果

三、技术选择与实验设计建议

在实际研究中，技术选择应综合考虑以下因素：

1、研究目的：是验证已知相互作用，还是探索新伙伴？

2、样品类型：细胞系、组织、体液还是重组蛋白？

3、相互作用特点：稳定/瞬时、强/弱、直接/间接？

4、通量需求：单靶点验证还是系统级网络构建？

随着单细胞质谱、冷冻电镜和空间多组学的兴起，蛋白–蛋白相互作用研究正从静态二维网络向时间分辨与空间分辨的动态互作组（Dynamic Interactome）迈进。这意味着，我们不仅能知道“谁和谁相互作用”，还能揭示它们在细胞周期、疾病进程或药物干预下的动态变化。蛋白–蛋白相互作用研究是理解生命系统和推动生物医药发展的关键。无论是药物靶点发现、疾病机制解析还是合成生物学设计，高质量的 PPI 数据都是bùkěhuòquē的基石。依托先进的质谱平台、多组学整合能力和丰富的项目经验，百泰派克生物科技致力于为全球科研与产业客户提供高精度、可重复、可解释的 PPI 分析解决方案。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.zhuānyè生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，zuì后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标进行表征，百泰派克生物科技可做到检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从zuì小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等zhuānyè服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，zhuānyè提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

https://www.biotech-pack.com/index.html