全流程免疫肽组学服务：从样本到新抗原筛选

肿瘤免疫治疗迎来了跨越式发展，从免疫检查点抑制剂到个体化疫苗、TCR-T细胞疗法，jīngzhǔn激活T细胞识别肿瘤的能力被视为未来治疗的重要方向。新抗原（Neoantigen），即由肿瘤特有基因突变产生的新肽段，因其高度非自我属性，成为诱导肿瘤特异性免疫反应的理想靶点。新抗原的筛选远非易事。通过体外算法预测MHC结合肽段的方法，虽具备一定通量，但仍面临假阳性率高、功能不确定等瓶颈。尤其是在个体化治疗背景下，仅靠预测模型已无法满足临床与研发对新抗原真实呈递状态的需求。在此背景下，免疫肽组学（Immunopeptidomics） 作为一种直接解析MHC复合物中呈递肽段的质谱技术，正逐渐成为新抗原发现的关键手段。相比预测，免疫肽组学提供了实测视角，使研究者能够直接识别在生理条件下由MHC分子呈递的真实肽段，为新抗原验证和靶点开发提供了更具生物学意义的依据。

一、免疫肽组学的技术原理与流程解析

免疫肽组学的核心在于，通过免疫共沉淀技术富集MHC分子，并释放其结合的短肽后，借助高分辨率质谱进行鉴定，从而还原抗原呈递的真实图谱。技术流程包括以下关键步骤：

1、样本准备

支持肿瘤组织、细胞系、PBMC等多种样本来源，前处理过程中需zuì大程度保留抗原肽的完整性，避免降解。

2、MHC免疫共沉淀（IP）

利用特异性抗体富集MHC-I或MHC-II复合物，确保肽段来源的专一性，是整个流程成败的关键。

3、肽段释放与纯化

通过温和的酸处理将短肽从MHC分子中释放，再经固相萃取等方式进行纯化，去除杂质和非特异性干扰。

4、质谱分析（LC-MS/MS）

应用高分辨率质谱设备（如Orbitrap Exploris或timsTOF），针对长度通常在8–15个氨基酸的短肽进行jīngzhǔn识别与定量。

5、数据库匹配与新抗原筛选

将质谱结果与基于患者突变信息（如WES/）构建的个性化肽段数据库进行比对，识别其中可能的突变来源肽，即潜在新抗原。

二、技术挑战与关键优化点

免疫肽组学的优势显著，但技术门槛也相对较高，尤其在以下几个方面需要jīngzhǔn控制：

1、低丰度肽段的富集能力

新抗原多为低丰度表达，优化MHC抗体选择与IP条件至关重要。

2、短肽的质谱灵敏度与识别效率

与常规蛋白组学相比，免疫肽组学更依赖高灵敏度设备与jīngzhǔn的质谱参数设定。

3、高置信度的肽段鉴定算法

数据处理需结合多重算法（如NetMHCpan、MixMHCpred）与严格的FDR控制，保障结果的准确性。

三、应用价值：连接数据与靶点的桥梁

免疫肽组学技术正在逐渐成为连接组学数据与治疗靶点的核心桥梁。其应用jiàzhítǐxiàn在多个层面：

• 用于个体化肿瘤疫苗或T细胞治疗靶点发现

• 评估肿瘤免疫原性及抗原逃逸机制

• 研究病毒感染或自身免疫病中的抗原呈递谱

• 作为药物作用机制或毒性反应的辅助评估手段

特别是在jīngzhǔn医疗领域，免疫肽组学的引入使得抗原验证不再仅是预测+验证的被动模式，而是从一开始就立足于真实被呈递的角度，提高研发效率与临床转化的成功率。

随着肿瘤免疫治疗个体化趋势日益显著，识别真实被呈递的新抗原正成为药物开发与靶点研究的新高地。免疫肽组学技术不仅提升了新抗原筛选的可信度，也为研究者提供了更具生物学意义的发现路径。百泰派克生物科技将继续以前沿质谱技术为核心，赋能免疫治疗研发全流程，助力科学家把握免疫识别的真实信号，推进jīngzhǔn医学的临床落地。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.zhuānyè生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，zuì后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标进行表征，百泰派克生物科技可做到检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从zuì小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等zhuānyè服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，zhuānyè提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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