AAE-MS在提升HCP抗体覆盖率检测中的作用

宿主细胞蛋白（HCP）作为生物制药中的关键工艺相关杂质，一直是质量控制与注册申报中的重点。HCP检测多依赖ELISA，而抗体识别范围的广度——即抗体覆盖率，是决定ELISA方法学有效性的核心因素。在抗-HCP抗体覆盖率验证方面，二维Western印迹法（2D-Western Blot）是公认的“图谱型金标准”，通过蛋白点数量对比计算覆盖率。它仅能告诉我们抗体识别了多少“点”，却无法回答被识别的是哪些蛋白。这对药品质量风险评估、免疫原性分析和抗体筛选存在天然盲区。免疫亲和富集-增强质谱（AAE-MS），正是在此背景下被提出并快速发展。它将抗体捕获能力与高分辨质谱联用，不仅可jīngzhǔn识别抗体实际识别的HCP种类，还可用于量化其丰度，为提升HCP抗体覆盖率检测力提供更具深度和分子分辨力的视角。

一、AAE-MS技术原理与流程概览

1、AAE-MS基本原理

AAE-MS（Affinity-Assisted Enrichment Mass Spectrometry）是一种将抗-HCP抗体偶联于固相基质上，用于富集目标蛋白，再通过质谱进行蛋白鉴定和定量的策略。

2、AAE-MS标准化流程

（1）抗体固定：将待验证的抗-HCP抗体偶联至Protein A/G磁珠或Sepharose树脂

（2）样品孵育：与HCP混合样品充分孵育，使抗体结合其识别蛋白

（3）洗脱与酶解：洗去未结合杂质，保留免疫复合物并进行酶解处理

（4）质谱分析：使用LC-MS/MS识别富集蛋白的具体种类和丰度

（5）结果分析：比对总HCP蛋白谱，评估抗体“识别种类”与“识别偏好”

二、AAE-MS 在抗体覆盖率评估中的关键优势

1、提供蛋白种类层面的识别信息

二维Western只能看到“多少个蛋白点”，而AAE-MS能够明确识别出被抗体识别的每一个蛋白ID，包括其功能、分子量、等电点、免疫原性预测等属性。

2、识别能力不依赖电泳分离效果

2D-WB中弱表达蛋白或位置重叠蛋白可能被漏算，而AAE-MS对低丰度蛋白具有更高的检测灵敏度，避免点位统计误差。

3、覆盖率定量更精细

可输出：

（1）被识别蛋白数量 vs 总HCP蛋白数量

（2）丰度分布图

（3）被识别蛋白的功能注释与生物学风险预测

4、识别“盲区”抗体

可用于发现哪些高风险HCP未被当前抗体识别，为新抗体设计、补充免疫原策略提供依据。

三、AAE-MS 在抗-HCP抗体开发与申报中的应用场景

1、通用 vs 定制抗体对比评估

（1）用于评估商业通用抗体是否覆盖项目特定HCP谱

（2）支持多个抗体候选进行覆盖率排序，为定制开发决策提供定量依据

2、补充二维Western验证结果

（1）二维Western覆盖率≥70%时，AAE-MS可用于确认识别种类是否覆盖已知高风险HCP

（2）二维Western覆盖率偏低时，AAE-MS有助于判断“识别范围窄”是否为功能性缺失

3、用于CMC申报的深度佐证

（1）支持提交至FDA/EMA作为“蛋白种类识别”材料

（2）符合 ICH Q6B 对杂质“定性+定量+生物风险识别”的要求

AAE-MS的出现，为HCP抗体覆盖率验证带来了质的飞跃。相比二维Western图谱的点位统计，AAE-MS提供了更具深度、分子分辨率和可追溯性的识别信息，帮助生物制药企业更科学地评估抗体性能、控制检测盲区，并满足国际注册要求。百泰派克生物科技已将AAE-MS成功应用于多个mAb、重组蛋白和疫苗项目，协助客户实现HCP抗体验证的定量升级与风险zuì小化，助力药品质量体系更合规、更可控。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.zhuānyè生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，zuì后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标进行表征，百泰派克生物科技可做到检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从zuì小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等zhuānyè服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，zhuānyè提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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