蛋白测序策略选择：何时用Edman测序而非质谱？

在蛋白质研究中，测序技术的选择往往决定了实验能否成功。质谱（Mass Spectrometry, MS）已成为主流的蛋白测序工具，但Edman降解（Edman degradation）仍然在某些场景中bùkětìdài。那么，何时选择Edman测序而非质谱？这不仅关乎实验设计效率，也关系到结果的可解释性与应用价值。本文将从原理、优势对比、适用场景等角度，深入解析这两种策略的异同，帮助科研人员做出更jīngzhǔn的技术选择。

一、两种测序原理的根本差异

1、Edman降解：经典但依赖于N端

Edman降解是基于化学反应逐步切割N端氨基酸并进行鉴定的方式。每次循环可鉴定一个氨基酸，适用于N端游离且较短的肽段，理论上可达到20–30个氨基酸的测序深度。

（1）优点：高准确率、序列信息直接、可读性强

（2）局限：对N端封闭蛋白无能为力、无法解析修饰、不适用于复杂混合物

2、质谱测序：速度与通量的代表

质谱测序依赖肽段离子在气相中的碎裂模式，结合数据库搜索或de novo算法推测序列，是目前高通量蛋白组学的核心技术。常用平台包括Orbitrap、TOF等，配合LC-MS/MS系统可实现对千级以上蛋白的并行分析。

（1）优点：灵敏度高、通量大、适配修饰分析

（2）局限：序列推断需数据库依赖，de novo算法在低质量数据时准确性下降；蛋白起始点信息不总是清晰

二、如何根据实验目标选择测序方法？

1、明确研究目标：需要“哪一段”的序列？

（1）只需N端起始序列确认：Edman测序优先 适用于新蛋白表达产物的确认、成熟蛋白N端剪切位点验证等

（2）需全序列、翻译后修饰信息、复杂样本中识别：质谱测序为主选

百泰派克生物科技建议：在构建表达系统时，若引入标签（如His、Flag等）易造成N端封闭，影响Edman反应活性，应提前设计保留N端游离。

2、样品纯度：是否足够支持Edman测序？

Edman测序需高纯度蛋白样本（>90%）且量不少于1–5 µg，并要求蛋白在PVDF膜上固定、转印完整。

如果样品杂蛋白干扰严重，Edman测序结果容易混淆；质谱则具有更好的抗杂能力，可通过预分离提高特异性识别。

3、蛋白是否有修饰或变体存在？

质谱可识别磷酸化、乙酰化、糖基化等翻译后修饰，以及突变、剪切变异等分子异构形式。Edman则无法应对这些复杂修饰。

三、哪些典型应用场景更适合Edman测序？

1、单一纯化蛋白的N端验证

例如：验证重组蛋白表达正确性、检测成熟蛋白是否经信号肽剪切。

2、生物药一致性分析（如抗体药物）

在抗体药物开发中，N端氨基酸序列的直接读取有助于确认药品一致性、加工稳定性和法规合规性。

3、无数据库匹配参考的全新蛋白研究

在一些新物种、微生物株中，质谱由于缺少数据库支撑，de novo推断误差大；Edman提供的jīngquèN端序列可以辅助构建参考蛋白库。

四、实际操作中，是否可以联合使用？

当然可以。Edman测序与质谱测序是互补而非互斥的技术。联合策略示例：先进行Edman测序获取N端序列，再用质谱确认其余部分并解析修饰信息。这种方式能zuì大化获取结构信息，也更利于后续功能研究或抗体设计。

百泰派克生物科技的技术建议与服务优势

在百泰派克生物科技，我们提供包括：

• 高纯度蛋白SDS-PAGE后PVDF膜转印+Edman降解

• Orbitrap平台下的高分辨率LC-MS/MS蛋白测序

• 蛋白翻译后修饰分析、标签识别、de novo序列拼接

通过科学的策略整合，我们帮助多个客户实现从蛋白表达验证→结构解析→功能鉴定的高效转化，提升研发效率与数据可信度。Edman测序并未过时，它在某些精细结构分析中依然独具优势。而质谱的高通量特性则为大规模组学研究提供了基础。zuì关键的，是根据实验目的、样本状态和预算合理选择测序方式，甚至融合使用。如您在蛋白测序策略选择方面仍有疑问，欢迎随时联系百泰派克生物科技获取定制化技术支持，我们期待为您的科研项目保驾护航。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.zhuānyè生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，zuì后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标进行表征，百泰派克生物科技可做到检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从zuì小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等zhuānyè服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，zhuānyè提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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