商业特许经营备案的申请过程涉及多个步骤，以下是详细的申请流程：
企业网上注册
登录平台：特许人需要登录商务部业务系统统一平台（网址为https://ecomp.mofcom.gov.cn/），或通过商务部官网页面中间“业务系统统一平台-企业端”、“商业特许经营信息管理”应用首页进入。
进行注册：在平台上找到并点击“商业特许经营备案”，进入注册页面后，准确填写相关信息。完成注册后，特许企业获得登录号和密码，用于在中国商业特许经营网进行网上备案。
准备申请材料
基本材料：包括商业特许经营基本情况、中国境内全部被特许人的店铺分布情况、特许人的市场计划书、企业法人营业执照或其他主体资格证明等。
特定文件：与特许经营活动相关的商标权、专利权及其他经营资源的注册证书；符合《条例》第七条第二款规定的证明文件（如适用）；与中国境内的被特许人订立的第一份特许经营合同；特许经营合同样本；特许经营操作手册的目录（须注明每一章节的页数和手册的总页数）。
其他文件：国家法律法规规定经批准方可开展特许经营的产品和服务，须提交相关主管部门的批准文件；经法定代表人签字盖章的特许人承诺；备案机关认为应当提交的其他资料。
提交纸质材料
提交方式：特许企业在收到登录号后，需将准备好的纸质版备案材料提交至所在省级主管部门。对于注册地在境外的企业，则需将材料提交至商务部。
等待商务主管部门审核
审核过程：商务主管部门会对特许企业所提交的相关信息进行审核，确认无误后予以公告。备案机关应当自收到特许人提交的符合本办法第六条规定的文件、资料之日起10日内予以备案，并在商业特许经营信息管理系统予以公告。
