商业特许经营许可证的办理流程主要包括以下几个步骤：
企业网上注册：特许人需要登录商务部业务系统统一平台（网址为https://ecomp.mofcom.gov.cn/），或通过商务部官网页面中间“业务系统统一平台-企业端”、“商业特许经营信息管理”应用首页进入。在平台上找到并点击“商业特许经营备案”，进入注册页面后，准确填写相关信息。完成注册后，特许企业获得登录号和密码，用于在中国商业特许经营网进行网上备案。
准备申请材料：根据《商业特许经营备案管理办法》的规定，申请备案的特许人应当向备案机关提交包括商业特许经营基本情况、中国境内全部被特许人的店铺分布情况、特许人的市场计划书、企业法人营业执照或其他主体资格证明、与特许经营活动相关的商标权、专利权及其他经营资源的注册证书、符合《条例》第七条第二款规定的证明文件、与中国境内的被特许人订立的第一份特许经营合同、特许经营合同样本、特许经营操作手册的目录、国家法律法规规定经批准方可开展特许经营的产品和服务须提交相关主管部门的批准文件、经法定代表人签字盖章的特许人承诺以及备案机关认为应当提交的其他资料等在内的一系列材料。
提交纸质材料：特许企业在收到登录号后，需将准备好的纸质版备案材料提交至所在省级主管部门。对于注册地在境外的企业，则需将材料提交至商务部。
等待商务主管部门审核：商务主管部门会对特许企业所提交的相关信息进行审核，确认无误后予以公告。备案机关应当自收到特许人提交的符合本办法第六条规定的文件、资料之日起10日内予以备案，并在商业特许经营信息管理系统予以公告。
