商业特许经营备案未通过的常见原因涉及多个方面，主要包括以下几个方面：
一、商标权问题
(1)商标获权时间未满一年：如果商标获权时间或获得商标使用权的时间未满一年，都可能导致备案不通过。
(2)注册商标类别与经营业务不匹配：注册商标所获权类别与特许经营业务无直接关联，无法证明其在该业务上有稳定有效的专属权或使用权。
(3)服务项目未涵盖实际经营内容：注册商标在相关群组获得注册，但核准注册的服务项目未能涵盖实际经营的项目，也可能导致备案不通过。
二、经营资源权属问题
部分企业在提交商标注册申请时，并未在自己实际经营的核心服务上提交申请，导致商务主管部门在审核时发现经营资源保护范围与实际经营项目不匹配，这将为被特许人的经营和发展带来风险，备案审核可能不被核准。
三、直营店问题
(1)直营店认定问题：备案公司的母公司部分地区不认为某些店铺属于直营店，或者直营店是个体户且经营者不属于备案主体公司占股51%以上的控股股东。
(2)直营店经营时间不足：直营店实际经营时间未满一年，或者一年内变更过营业地址且无法提供证据证明更换地址前经营的业务与备案业务属于同一业务范畴、同一品牌。
(3)直营店证明文件不足：无法提供直营店与备案公司之间的资产关系证明，如公司章程，或者无法提供证据证明直营店近一年内在持续经营，如租赁合同、租金流水、完税证明等。
(4)直营店与备案业务不一致：直营店实际经营的内容与备案业务不属于同一品牌或同一业务范畴。
四、特许经营合同及相关手册问题
(1)合同条款缺失：特许经营合同中缺少保护加盟商权益的条款，如冷静期条款、培训指导条款等。
(2)操作手册内容不足：特许经营操作手册缺少实质培训、指导的内容，不能让加盟商依手册指引成功建店经营。
(3)合同样本问题：特许经营合同样本不合格，如与第一份特许经营合同的内容存在实质性差异，或未突出显示冷静期条款等。
五、其他问题
（1）资格要求不符：企业可能未满足成为特许人的资格要求，如没有成熟的经营模式、服务能力不足等。
(2)备案材料不全或错误：提交的备案材料可能缺少必要的文件，如营业执照复印件、特许经营合同样本等，或者文件内容存在错误。
(3)地址不详细或变更：备案时提供的地址信息不详细或与实际经营地址不一致。
(4)前置性审批未办理：部分行业在备案前需要办理前置性审批手续，如未办理也可能导致备案不通过。
六、法律后果
未通过商业特许经营备案的企业，其签订的特许经营合同将面临合同无效的风险。一旦发生纠纷，法律将不予保护，特许人可能需要返还向加盟商收取的加盟费、特许权使用费等费用，并赔偿加盟商发生的损失。