菌肥是一种含有大量有益微生物菌的肥料，它结合了有机质、氮、磷、钾等作物生长必需的营养成分和有益微生物菌。这些微生物菌在土壤中繁殖，能够改良土壤、防治病害，从而促进作物的健康生长。菌肥的作用不于提供养分，还包括通过微生物的生命活动来改善土壤质量，增强作物的抗病能力，提高农作物的产量和品质。
菌肥的种类包括但不限于微生物肥料、生物肥料、生物接种剂等，它们都是以微生物的生命活动为核心，使农作物获得特定的肥料效应的一类肥料制品。与传统的化肥相比，菌肥具有更好的生物活性和可持续利用性，能够为植物提供丰富的养分，增强抗病虫害能力，改善土壤质量，实现农业可持续发展。
使用菌肥时需要注意适量配合有机肥料施用，以加快改善土壤的理化性状，增加土壤有机质的含量，提高生物菌的活性。购买菌肥时，应选择质量可靠、有效活菌数多、杂菌含量低的产品，避免使用质量低、有效活菌数少、杂菌含量高或过期的产品。
微生物菌肥是一种根据土壤微生态学原理、植物营养学原理以及现代“有机农业”的基本概念研制出来的肥料生物制品。它含有多种高效活性有益微生物菌，适用于各种作物使用，可活化养分，提高养分利用率，具有广普性，适用于各种类型的土壤，有助于提高土壤肥力，减少化学肥料的使用，促进作物的生长。
关于菌肥，北京清析技术研究院可提供堆积密度、微量阴离子、氨态氮含量、硝态氮含量、总氮含量、缩二脲含量、水分、铁含量、碱度、水不溶物含量、粒度、硫酸盐含量、亚甲基二脲含量、磷含量、游离水含量、颗粒平均抗压碎力、腐植酸、有机质含量、重金属检测、有效菌数检测、毒理检测、主要成分、有效成分、成分含量、营养成分、成分分析、未知成分、配方分析等检测项目。同时，北京清析技术研究院可对菌肥，生物菌肥，微生物菌肥，有机菌肥，酵素菌肥，液体菌肥，活性菌肥，复合菌肥、根瘤菌肥料、固氮菌肥料、磷细菌肥料、硅酸盐细菌肥料、生物肥料、微生物肥料、有益菌肥等菌肥进行检测。
菌肥菌种测试方法
1. 菌种活力测试
菌种活力测试是菌肥中微生物活力的检测，常用的方法有:色谱法、流式细胞术、荧光定量PCR等。这些方法可以检测出不同菌种在菌肥中的存在数量，从而判断菌肥的质量是否稳定。
2. 菌种菌群检测
菌种菌群检测可以分离出菌肥中的微生物，并通过生物学特性和遗传学特性进行鉴定、划分和归类。这些数据可以为优化菌种组成、提高菌种活力和生成更加有效的菌肥提供基础信息。
3. 菌种鉴定
菌种鉴定主要是对分离出的菌株进行分类和命名，并鉴别微生物是否具有对特定植物的生长作用。这样可以为生产高效的菌肥提供更加准确的菌种数据。
检测标准
1、NY 411-2000 固氮菌肥料
2、T/DGAS 004-2018 玉米固氮菌肥料
3、DB61/T 1558-2022 果树枝条菌肥沟埋技术规程
4、GOST R 57643-2017 微生物产品 菌肥氮素 规格
5、DB35/T 2021-2021 巨菌草固氮菌肥料生产技术规范
6、DB23/T 3575-2023退化黑土有机物与菌肥联合修复技术规程
7、T/HXCY 038-2020微生物菌肥修复退化高寒草原土壤技术规程
