菌株是表示同种微生物不同来源的纯种培养。它指的是从自然界中分离得到的每一个微生物纯培养，都可以被称为一个菌株。这一定义涵盖了单一菌体的后代，由共同祖先（同一种、同一品种、同一子实体）分离的纯培养物。菌株也表示一个由独立分离的单细胞繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代，起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代菌群。
菌株的概念在微生物学和医学领域中非常重要，因为不同的菌株可能具有不同的生物学特性和用途。例如，在益生菌药物中，某一菌株的治疗作用并不代表本属或种的益生菌均具有这一作用。不同的菌株发挥作用所需的剂量不同，甚至同一菌株针对不同的疾病所需的剂量也不相同。因此，在选择药物剂量时应该注意。
细菌的分类方法包括传统分类法和数值分类法。传统分类法基于细菌的表型特征，如形态结构、染色、培养特性、生化反应等。而数值分类法则是对细菌的各类生物学性状按“等重要原则”进行分类，测定其相似率，区分种群，并确定各种细菌的亲缘关系。此外，遗传学分类法在分子水平上对细菌个体的DNA、RNA和蛋白质进行研究分类。
关于菌株，北京清析技术研究院可提供质量检测、微生物检测、温变、活性检测、灭活检测、种类检测、纯度检测、毒害检测(产毒力鉴定)、稳定性检测、遗传检测、外观检测、浓度检测、退化检测、安全性检测等检测项目。同时，北京清析技术研究院可对乳双歧杆菌Bb-12和Bi-07、鼠李糖乳杆菌HN001和LGG、动物双歧杆菌BB-12、瑞士乳杆菌R0052、婴儿双歧杆菌R0033、两歧双歧杆菌R0071、嗜酸乳杆菌NCFM、罗伊氏乳杆菌DSM17938等菌株进行检测。
鉴定方法
1、革兰氏染色法
革兰氏染色结合显微镜观察是基本的菌株鉴定技术。该方法首先进行革兰氏染色，然后通过显微镜观察菌落形态和菌体的格兰氏染色情况，根据颜色和形态进行初步鉴定。该方法成本低,操作简便，可用于生物材料中菌株的初步筛查。但依赖于观察者的经验，结果主观性较大。
2、生化鉴定
生化鉴定是通过检测不同菌株对碳水化合物、氨基酸等底物利用能力的差异,结合菌落形态实现菌株分类鉴定。该方法操作简单，结果较为可靠，可区分大多数常见菌属。市售的生化鉴定系统如API测试牌可实现标准化操作，但需要一定的培养时间,结果只能达到区分菌属的程度。
3、PCR鉴定
PCR技术的应用大大提高了菌株鉴定的特异性和敏感度。采用通用引物可扩增所有细菌的保守基因片段，如16SrDNA,序列比对分析可达到种或属鉴定。采用特异引物仅可检测目标菌，实时荧光PCR可进行菌株的快速定量，但PCR反应条件需要经过优化,存在一定的假阴性结果。
4、MALDI-TOF MS
MALDI-TOF质谱技术测定不同菌株的蛋白质组成指纹图谱，并在数据库中查询相匹配的已知菌株，从而实现快速准确的菌种鉴定。该技术操作简便高效,结果准确性高,成本也较为合理，是目前应用广泛的菌株鉴定技术之一。但其数据库的质量对结果准确率有重要影响。
检测标准
1、SN/T 3569-2013 植原体活体菌株保存方法
2、DB51/T 2169-2016 标准菌株的保存与使用指南
3、NY/T 2311-2013 黄曲霉菌株产毒力鉴定方法
4、DB2301/T 93-2021 高效大豆根瘤菌菌株筛选技术规程
5、NY/T 1735-2009 根瘤菌生产菌株质量评价技术规范
6、GB/T 38569-2020 工业微生物菌株质量评价拉曼光谱法
7、DB44/T 2346-2021木麻黄青枯菌强致病性菌株筛选技术规程
