研究蛋白质含量的技术主要分为标记和非标记两种策略，其中iTRAQ和TMT为体外标记蛋白定量，Label-Free为非标记定量技术。
iTRAQ/TMT/Label-Free是三种不同的蛋白定量技术：
iTRAQ（isobaric tags for relative and absolute）即同位素标记相对和j_u_é|对定量技术。iTRAQ技术通过同位素标记来实现蛋白质定量研究，经水解的蛋白质多肽N末端或赖氨酸侧链基团可以被同位素标记，通过高精度质谱仪串联分析，可同时对Z_U_I多8个样品进行鉴别和定量。利用iTRAQ技术一次实验可实现多达8个样品蛋白质的高通量鉴定和定量，且该技术是在肽段水平上进行的体外标记，没有物种特异性限制，理论上可用于所有物种的蛋白质定量研究。
TMT（Tandem MassTag）中文名串联质量标签，其原理与iTRAQ基本相似，利用氨基酸N末端和赖氨酸残基与试剂标签之间形成共价结合实现对多肽的标记，然后通过串联质谱获得的离子峰强度和离子峰质荷比进行蛋白质的定性和定量分析。一次TMTZ_U_I高可同时标记16种不同的生物样品，与iTRAQ相比，TMT的通量更高；TMT报告基团间Z_U_I小分子质量差为6/1000Da，iTRAQ报告基团间Z_U_I小分子质量差为1Da，因此TMT比iTRAQ具有更高的分辨率，降低了实验误差。
LabelFree蛋白定量技术，是将未标记的样品蛋白进行酶解，再将酶解得到的肽段进行质谱分析，利用质谱分析软件对质谱数据进行分析以计算蛋白质的含量。可通过一级质谱得到的肽段峰强度、肽段峰面积以及液相色谱保留时间等数据信息来进行样品蛋白的定量分析。LabelFree无需使用昂贵的试剂标签就可以对样品进行高通量的定量分析，投入产出比较高。此外，在鉴定蛋白质翻译后修饰时，->A:/label-free.html
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