利用质谱仪对蛋白质进行分析鉴定可以得到不同的数据，如一级质谱数据和二级质谱数据，这些质谱数据也就是质谱结果，都需要结合数据库、软件等进行生物信息学分析才能实现蛋白质的鉴定及序列分析等。
蛋白质一级质谱数据主要是分析蛋白质酶切产生的肽段质量图谱，即肽质量指纹图谱（Peptide MassFingerprint，PMF），再将PMF中的肽质量数据与数据库中理论肽质量进行比较和评价，从而实现肽段的鉴定。常用的PMF检索工具主要有PeptIdenet、MS-Fit、ProFound、PeptideSearch等。
在第一阶段进行肽质指纹鉴定之后，可以选择有意义且丰度较高的肽片段进行串联质谱分析，以获得更精细的二级质谱数据。串联质谱技术获得肽序列图谱比PMF更复杂，需要借助计算机软件辅助识别不同的肽段母离子。可以通过读出的部分氨基酸序列结合此序列前后的母离子和肽段离子质量，在数据库进行检索、比较进而实现蛋白的鉴定；也可以直接用串联质谱数据进行数据库检索，常用的串联质谱数据检索工具主要有MS-Taq、MS-Seq、PepFrag、Mascot等。
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