蛋白质组学的生物信息学分析：功能注释和富集分析

功能注释是将生物学信息附加到基因或蛋白质序列的过程。功能注释包括三个主要步骤：

1-. 确定基因组中不编码蛋白质的部分；

2. 鉴定基因组中的元素（基因预测）；

3. 给这些元素添加生物学信息。

功能富集分析确定在大量基因或蛋白质中过表达的基因或蛋白质的类别，这些过表达物质可能与疾病表型有关。统计法可用于确定显着富集的基因组。富集分析的一般步骤包括：

1-. 计算p值（该值代表列表中蛋白质的过表达）；

2. 根据p值评估节点或路径的统计显着性；

3. 归一化分析每组蛋白质的p值，并为多个假设检验计算错误发现率。

Go注释分析

基因本体（Gene Ontology，GO）统一了所有物种中基因和基因产物属性的表示形式。Go注释分析的应用范围包括：

1-.整合来自不同物种的蛋白质组学数据

2.对差异蛋白质进行分类

3.预测特定蛋白质结构域

4.识别涉及某些疾病的基因。

Go富集分析

基因或蛋白质集的富集分析：可用于从庞大的数据集中探索功能和生物学意义，例如质谱数据和微阵列结果。GO富集分析还有助于组织来自全新（或完全注释）基因组的数据，并比较各进化枝成员之间的生物学功能。

KEGG注释分析

KEGG是一个可以系统地分析细胞中基因产物的代谢途径以及这些基因产物的功能的数据库。生物体中，不同的基因产物之间彼此协调以执行生物学功能。对差异表达基因途径的注释分析有助于解释基因的功能。

KEGG富集分析

差异表达基因的KEGG富集分析可以丰富具有显着差异的通路，并有助于找到在实验条件下具有显着差异的生物调节途径。

COG富集分析

基于全基因组分析，COG可以使用简单的基于双向Z_U_I佳匹配和三角形约束的搜索方法，准确地分配大多数基因的旁系同源物和直系同源物。该方法可以识别较远的同源物和分离密切相关的同源物。基于家系分析，该方法可以利用蛋白质家族的特征成员的功能将功能分配给整个蛋白质家族，并对多个家族的潜在功能进行描述。

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