植物蛋白质组学研究特定时间或环境下植物细胞或组织的基因组表达的所有蛋白质。与其他蛋白质组学研究一样，样品制备是植物蛋白质组学研究的第一步，也是非常重要的一步。样品制备的主要方法为将细胞或组织等样品进行破碎、溶解、失活或还原，尽可能断开蛋白质间的连接键并提取全部蛋白质。
植物蛋白质组学样品制备
植物细胞含有较厚的细胞壁，给样品中蛋白质的提取增加了一定的难度。根据植物的品种和生长发育状况不同，植物中所含生物大分子的量变化很大，另外植物中生物大分子的量还与季节关系密切。目前常用的植物蛋白的提取方法有两种：一种是普通Tris-HCl提取法，该方法通过选择适当pH值的提取缓冲液，尽可能地溶解植物中的可溶性蛋白；另一种是三氯乙酸/丙酮沉淀法，该方法中三氯乙酸作为蛋白质变性剂，能有效抑制丝氨酸蛋白酶和巯基蛋白酶的活性，减少蛋白损失，因此使用较为广泛。但这两种方法都不能有效地去除产物中的非蛋白物质，会对后续的研究产生不利的影响。酚/SDS蛋白提取法，利用酚在阴离子型表面活性剂SDS的存在条件下能充分溶解蛋白的特点，可以在较短的时间内充分溶解植物组织中蛋白质，得到的蛋白质纯度更高。
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