在过去的几十年中，以质谱(MS)为基础的蛋白质组学已经成为鉴定蛋白质-蛋白质相互作用分析(PPIs)的重要技术。蛋白质通过与其它蛋白质或化合物相互作用，形成大分子化合物，从而发挥生物学功能。对蛋白质相互作用的研究能够帮助我们更好的理解蛋白质。当通过IP,CO IP或GSTpull-down等蛋白质相互作用分析手段，获得靶标蛋白后，通过质谱分析方法对该蛋白进行分析，鉴定及定量，能够对相互作用蛋白进行表征，对蛋白质功能进行分析。亲和纯化结合质谱分析（Affinitypurification combined with mass spectrometry,AP-MS）则允许在特定生理条件下无偏差的对相互作用蛋白进行检测。一种做法是利用SILAC方法分别标记实验组和对照组细胞后进行Co-IP实验，依靠抗原与抗体之间的专一性反应分离得到免疫复合物；再通过LC-MS/MS来定性/定量检测免疫复合物中的蛋白；当实验组与对照组中某个蛋白质的含量达到统计学差异时，判定这个蛋白质与研究的蛋白具有相互作用，可极大降低蛋白质互作假阳性结果可能性。SILAC技术和Co-IP-MS技术结合可用于高通量定量分析在特定情况下蛋白的互作蛋白网。
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免疫共沉淀法（CO-IP）结合质谱联用的蛋白互作分析
对Pull-down实验捕获到的细胞中相互作用较低、丰度低的靶蛋白进行质谱鉴定：GST融合蛋白Pull-down技术结合质谱联用的蛋白互作分析
用于高通量定量分析在特定生理条件下蛋白的互作蛋白网络分析：SILAC与免疫共沉淀结合质谱联用的蛋白互作分析
蛋白质相互作用质谱分析
质谱鉴定相互作用蛋白的两个常用方法是肽指纹图谱分析法（peptidefingerprinting）和鸟枪法蛋白质组学分析法（shot-gunproteomics）。肽指纹图谱分析法，通过SDS-PAGE，对蛋白样品进行分离。聚丙烯酰胺凝胶可以是考马斯亮蓝（coomassie）和银染条带。需要样品条带是单一条带，即只含有一个蛋白条带。将切下来的蛋白条带用酶进行消化后，通过质谱进行分析。这些消化后得到的肽段进行质谱分析后，通过与理论数据库进行比对的方式，生物信息学分析拼接得到目的蛋白的信息。肽指纹图谱法的一些局限性在于，该方法需要在切胶过程中得到单一的蛋白条带，如果有杂带将会影响检测的准确性，因为杂带中的蛋白信息可能会掩盖真实的目的蛋白的信息。比较适用于较纯的蛋白样品的鉴定。而鸟枪法蛋白质组学分析法的强大之处在于，鸟枪法可以对蛋白混合物进行分析。
鸟枪法蛋白质组学的原理是先将蛋白质样品消化成肽段，将肽段通过高效液相色谱(HPLC)法进行分离。分离后的肽段直接进入质谱仪进行分析。质谱分析包括了两个过程，一级质谱（MS1）及二级质谱（MS2）。一级质谱获取高效液相色谱MS1中洗脱的肽的质量-电荷比（m/z）和肽的强度（intensity）；二级质谱通过对肽段氨基酸序列进行确定，MS2选择单个肽段对其进行萃裂从而得到该肽段的光谱数据。检索软件根据二级质谱信息与相应的数据库比对，结合匹配度打分及错配过滤，可得到肽段的确切序列，进而拼接出各蛋白的完整序列，从而实现对蛋白的鉴定。
百泰派克生物科技既可以为您蛋白相互作用分析实验后的蛋白样品进行检测，也可以您寄来样品，百泰派克生物科技提供一站式互作蛋白检测，包括蛋白互作实验，IP,CO IP, GSTpull-down到蛋白样品质谱分析一站式完成。您只需要将您的需求和样品寄给我们，我们会负责项目后续所有事宜，包括样品前处理、蛋白互作实验、质谱分析、质谱原始数据分析。
百泰派克生物科技-您身边的生物质谱专家
北京百泰派克生物科技有限公司（Beijing Biotech Pack Scientific Co., Ltd.简称BTP）从事以生物质谱为依托的生物药物表征，大分子物质（包括蛋白质、多肽、代谢物）质谱分析以及小分子物质检测服务。公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务，业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等。7大质量控制检测平台，服务3000+企业，10000+客户的选择，致力于为您提供y_ō_u|z_h_ì的生物质谱分析服务!