蛋白质相互作用网络分析

2024-12-22 09:00 117.176.203.244 1次
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百泰派克生物科技
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蛋白质相互作用,蛋白质组学数据,蛋白质组学,代谢组学,tmt,抗体测序,itraq,蛋白质谱鉴定
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STRING是收录多个物种预测的和实验验证的蛋白质-蛋白质互作的数据库,包括直接的物理互作和间接的功能相关。结合差异表达分析结果和数据库收录的互作关系对,构建差异表达蛋白互作网络。分析过程中将差异表达蛋白映射到STRING数据库中,获得差异蛋白的相互作用关系信息。由于STING数据库除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果,我们从搜索结果中筛选出综合打分大于0.4(Medium)的蛋白互作关系对,并采用合适的生物信息学分析软件对相互作用结果进行可视化。结果如图所示:

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图1 差异表达蛋白互作信息不同来源的证据(Evidence)

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差异表达蛋白互作信息不同来源的证据(Evidence)2

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图2 差异表达蛋白互作强度信息图(Confidence)

注:圆圈(node)表示蛋白质,不同颜色表示不同的蛋白质,圆圈里是蛋白的三维结构。直线表示蛋白质之间的相互作用关系。线越粗表示二者的互作关系越强。暗色的线表示在evidenceview的圆中有关系,但在actions图中没有关系。

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图3 差异表达蛋白之间不同的作用模式(Actions)

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差异表达蛋白之间不同的作用模式(Actions)2


百泰派克生物科技-您身边的生物质谱专家
北京百泰派克生物科技有限公司(Beijing Biotech Pack Scientific Co., Ltd.简称BTP)从事以生物质谱为依托的生物药物表征,大分子物质(包括蛋白质、多肽、代谢物)质谱分析以及小分子物质检测服务。公司采用ISO9001质量控制体系,专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务,业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等。7大质量控制检测平台,服务3000+企业,10000+客户的选择,致力于为您提供y_ō_u|z_h_ì的生物质谱分析服务!


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成立日期2015年12月23日
法定代表人王素芹
注册资本100
主营产品蛋白组学,从头测序,生物制药分析,代谢组学
经营范围技术开发、技术推广、技术转让、技术咨询、技术服务;货物进出口、技术进出口、代理进出口;销售机械设备、化工产品(不含危险化学品)。(依法须经批准的项目,经相关部门批准后依批准的内容开展经营活动。
公司简介百泰派克生物科技--生物制品表征,多组学生物质谱检测优质服务商北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则,通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证,建立了完备的质量体系,数据冷热/异地备份,设备定期计量/期间核查,软件审计追踪,为客户提供一体化解决方案和技术服务,支持新药研发 ...
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