为检验所选取的差异表达蛋白质或特征差异表达蛋白质的合理性和准确性，可以通过聚类分析将蛋白按照表达量的趋势聚合在一起，可以实现更为直观的蛋白质组学数据分析。
1-. 层次聚类分析
对筛选出的差异表达蛋白做层次聚类分析，将具有相同或相似表达模式的蛋白进行聚类。差异表达蛋白聚类结果如下图：
图1 差异表达蛋白层次聚类图
注：图中不同的列代表不同的样品，不同的行代表不同的蛋白。颜色代表了蛋白在样品中的表达量水平。
2. K-means聚类分析
为研究蛋白在不同实验处理下的表达模式，对样品的表达量进行K-means聚类分析，同一类的蛋白在不同的实验处理下具有相似的变化趋势，具有相似变化趋势的蛋白往往具有相似的功能：
图2 差异表达蛋白聚类折线图
注：x轴表示样品分组，y轴表示表达量。黑色线条表示这个cluster中的所有蛋白在不同实验条件下相对表达量的平均值的折线图。
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