若北京顺义区公司股权变更后未按时缴纳税务，可按以下步骤进行补缴：
进行补缴申报
填写申报表：在北京市电子税务局或前往顺义区税务机关办税服务厅，领取或下载相关的纳税申报表，如印花税申报表、个人所得税申报表或企业所得税申报表等，按照实际情况准确填写补缴的税款所属期、补缴金额等信息。
提交申报：将填写完整的申报表以及准备好的补缴材料一并提交给税务机关。如果是通过电子税务局申报，需按照系统提示上传相关材料的电子文档；如果是到办税服务厅申报，需将纸质材料交给窗口工作人员。
缴纳税款及滞纳金
选择缴纳方式：税务机关一般提供多种缴纳方式，如通过企业的银行账户进行网上划款、到银行柜台缴纳现金或转账、使用第三方支付平台缴纳等，企业可根据自身情况选择合适的缴纳方式。
完成缴纳：按照税务机关确定的补缴金额，及时进行税款和滞纳金的缴纳。缴纳完成后，妥善保管好缴纳凭证，如银行回单、电子缴款记录等。
与税务机关沟通
主动说明情况：企业应尽快安排财务人员或相关负责人，携带公司营业执照、法人身份证明等能证明企业身份的材料，前往顺义区当地主管税务机关，主动说明股权变更后未按时缴纳税务的原因，如财务人员疏忽、对政策理解有误等，态度要诚恳，表达积极补缴的意愿。
了解具体补缴要求：向税务机关咨询需要补缴的税种、税额、滞纳金的计算方式以及补缴的期限等具体信息，询问是否需要接受相应的处罚以及处罚标准等。
准备补缴材料
股权转让相关材料：提供股权转让协议原件及复印件，协议中要明确转让方、受让方、转让股权比例、转让价格等细节3。还要提供股东会决议，证明股权变更经过了股东的合法决策136。若有公司章程修正案或新的公司章程，也需一并提供。
财务资料：准备公司的财务报表，如资产负债表、利润表等，用于税务机关核实公司的财务状况和股权变更对财务的影响。提供与股权变更相关的记账凭证、银行流水等，以证明股权交易的资金流向。
其他材料：可能还需要提供转让双方的身份证明文件，如身份证（自然人股东）或营业执照副本（企业股东）。若涉及资产评估，需提供资产评估报告。
计算补缴金额
确定税种及税率：股权变更通常涉及印花税和所得税。印花税按股权转让协议所载金额的万分之五贴花8。所得税方面，若转让方为个人，需按“财产转让所得” 缴纳个人所得税，税率为20%，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额；若转让方为企业，应将股权转让所得并入应纳税所得额，缴纳企业所得税，一般税率为25%。
计算滞纳金：根据《中华人民共和国税收征收管理法》规定，纳税人未按照规定期限缴纳税款的，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。企业要根据滞纳的天数和税款金额，准确计算出应缴纳的滞纳金金额。