马来西亚公司注册商标的流程是一个涉及多个步骤的法律过程，具体如下：
提交申请：申请人需要向马来西亚知识产权局（MyIPO）提交商标注册申请。申请可以通过单一国家途径或马德里国际注册途径进行。
形式审查：MyIPO会对提交的申请文件进行合法性审查，包括商标图样、委托书等文件。如果文件无误，将授予申请日和申请号。
实质审查：在形式审查通过后，MyIPO将对商标进行法律审查，包括是否具有可注册性、是否与在先注册的商标相同或近似、是否违背商标法的禁用条款等。审查员可能会发出驳回通知，申请人需在规定时间内答复。
公告：如果商标通过实质审查，MyIPO会给予公告，并刊登在商标公告上。公告期为2个月，任何利益相关人都可以在此期间提出异议。
处理异议：如果有异议提出，MyIPO将根据双方提供的证据和理由作出裁定。如果异议不成立或无人提出异议，商标将继续注册流程。
核准发证：经过上述审查和公告程序后，如果没有驳回、异议等情况出现，商标将获准注册并下发注册证。整个顺利的申请过程（如果没有驳回、异议等情况出现）大概需要18-24个月。
在准备申请材料时，建议咨询专业的商标代理机构或律师，以确保所有文件的准确性和完整性，从而提高商标注册的成功率。