企业研发管理体系认证证书的办理流程主要包括以下几个步骤：
1.前期准备阶段：企业高层需明确研发管理体系认证的战略意义，并作出认证决策。成立专项小组，明确职责分工，制定详细的工作计划和时间表。通过内部审核、管理评审等方式，对企业现有研发管理体系进行全面评估。
2.体系建立阶段：组织全体员工进行研发管理体系标准及相关法律法规的培训。根据GB/T19001等标准的要求，编制体系文件，包括质量手册、程序文件、作业指导书等。选择具有代表性的部门或流程进行体系文件的试点运行，收集反馈意见并修订完善。
3.体系实施与运行阶段：将体系文件推广至全公司范围，确保所有部门和岗位按体系文件要求开展工作。建立内部审核和管理评审机制，定期对体系运行情况进行监督检查，并鼓励员工提出改进建议。应用PDCA循环，对发现的问题进行原因分析，制定并实施纠正和预防措施，实现体系的持续改进。
4.认证审核阶段：确定认证机构，并与其联系咨询相关认证要求和流程。按照认证机构要求提交申请资料，包括企业简介、体系文件、认证范围等。认证机构派遣审核员对企业进行现场审核，全面评估企业的研发管理体系是否符合标准要求。企业针对审核中发现的问题制定整改计划并认真实施整改，提交整改报告和证据材料。经认证机构确认企业满足认证要求后，颁发研发管理体系认证证书。
5.持续维护与提升：企业建立长效的体系维护机制，定期对体系运行情况进行检查和评估。加强对员工的培训和教育，提高员工对体系的理解和执行能力。不断关注和行业发展趋势，推动体系的持续改进和创新发展。
办理企业研发管理体系认证证书所需资料包括：
1.申请人的名称、地址及其研发活动场所的必要信息
2.涉及多个研发场所时，各场所的名称、地址及其研发内容
3.证明其法律地位的文件及适用时从事相关服务的资质和任何行政许可
4.拟认证的研发信息，包括研发范围和产品内容等
5.影响认证符合性的任何外部程序的信息
6.申请人寻求认证的标准和其他规范性文件
7.申请人已按认证标准/规范要求建立并实施的相关管理体系文件
8.适用时的任何特殊要求（如特殊的语言、环境、安全要求等）
9.需要时的其他信息。