税务注销时发现存在未缴税款，应当按照相关规定进行补缴，具体处理方式如下：
一、补缴税款
纳税人需要向税务机关申报并缴纳应补缴的税款。这通常涉及到填写相关的税务申报表，并按照规定的时间限制缴纳税款。补缴税款时，应确保金额准确无误，并保留好相关的完税证明或其他证明材料，以证明已经履行了纳税义务。
二、避免法律后果
如果纳税人未能在规定期限内补缴税款，税务机关可能会采取强制措施，如加收滞纳金、进行税务稽查等。纳税人应尽快补缴税款，以避免可能的法律后果。
三、咨询税务机关
如果纳税人对补缴税款的具体金额或计算方式有疑问，可以向税务机关咨询或寻求专业的税务咨询服务。税务机关会提供详细的指导和帮助，确保纳税人能够正确补缴税款。
四、提交税务注销申请
在补缴完税款后，纳税人可以提交税务注销申请。在提交申请时，应提供相关的完税证明或其他证明材料，以证明已经履行了纳税义务。税务机关会对纳税人的申请进行审核，如果审核通过，将批准税务注销申请。
五、注意事项
1.全面自查：在申请税务注销前，企业应进行全面自查，确保所有税款已经按照规定缴纳。
2.及时补缴：一旦发现存在未缴纳的税款，应立即进行补缴，并向税务机关申报。
3.保留证明材料：补缴税款后，应保留好相关的完税证明或其他证明材料，以备后续使用。
税务注销时发现存在未缴税款时，纳税人应依法进行补缴，并确保在规定期限内完成缴纳。更多关于公司税务异常问题来电询我。