企业与研究院合作面临的挑战主要包括：
资金问题：研究经费的投入巨大，包括研发经费和大型专用科研仪器的投资，给企业带来经济压力。
人才短缺：高水平科研人才和技术推广人力资源的不足，限制了研究院的发展。
研发持续性挑战：如何确保研究院的良性持续发展，并为企业带来科技效益，是一个亟待解决的问题。
市场需求不明确：部分企业没有成立研究院的需求，而是将研发工作与客户需求直接结合。
外部环境挑战：包括政策与法规限制，以及市场竞争的激烈，需要灵活应对和差异化定位。
目前能新注册研究院的地区越来越少。
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