没有进行商业特许经营备案会带来一系列严重后果。
从法律层面来看，根据《商业特许经营管理条例》第二十五条规定，特许人未依照本条例第八条的规定向商务主管部门备案的，由商务主管部门责令限期备案，处1 万元以上 5 万元以下的罚款；逾期仍不备案的，处 5 万元以上 10万元以下的罚款，并予以公告。例如，北海市某商贸有限公司从事商业特许经营活动未向商务主管部门办理备案，被北海市商务局处于 1万元的xingzhengchufa；黄石欧优文化传播有限公司未进行商业特许经营备案开展特许经营活动，被黄石市市场监督管理依法作出罚款1.5万元的xingzhengchufa；中通供应链管理有限公司因从事商业特许经营活动未按规定备案，被杭州市市场监督管理局对从事商业特许经营活动未按规定备案的行为处罚款人民币14000 元。
特许经营未备案会产生不利影响。商业特许经营备案本质上是一个事后告知性行为，这种告知包含了一些对特许人资格确认的内容。从事商业特许经营但不履行备案义务的企业将受到相关行政管理部门、行政执法机关以及司法机关的关注，特别是因不备案遭受xingzhengchufa后，可能影响到企业开设分公司的批准或影响年检注册。而企业与加盟商订立的特许经营合同可能会面临无效、解除等风险，在与加盟商发生纠纷时，没有备案的特许经营企业将处于不利地位，可能会承担对加盟商的赔偿责任，更将失去加盟商对企业的信任。
商业特许经营必须要进行备案，否则会受到严重的处罚，增加经营风险，降低企业的可信度。
未备案面临法律处罚
企业以外的其他单位和个人作为特许人从事特许经营活动，若未备案，也会由商务主管部门责令停止非法经营活动，没收违法所得，并处10 万元以上 50 万元以下的罚款。这充分体现了未备案行为的严重性和法律对规范特许经营活动的严格要求。
未备案影响企业分公司批准或年检
不进行商业特许经营备案可能会影响企业分公司的批准或年检注册。随着相关单位信息共享机制的建立和完善，不履行备案义务的企业将受到相关行政管理部门、行政执法机关以及司法机关的关注。特别是因不备案遭受相关处罚后，可能会影响到企业开设分公司的批准或年检注册。这意味着企业的扩张和正常运营可能会受到阻碍，影响企业的发展战略和市场布局。
例如，一些企业在计划开设分公司时，由于之前未进行特许经营备案而面临审批困难，导致分公司的设立进度延迟，影响了企业在新市场的拓展。年检注册过程中也可能因为未备案问题而面临各种审查和整改要求，增加企业的运营成本和管理难度。
未备案致特许经营合同风险
未进行商业特许经营备案还可能导致企业与加盟商订立的特许经营合同面临无效、被撤销以及解除的风险。如果企业未进行备案就进行非法招商，一旦被发现，可能需要退还加盟商的加盟费和品牌保证金，并可能失去加盟商对企业的信任。
在实际的商业活动中，特许经营合同是双方合作的基础。如果合同因未备案而存在风险，不仅会影响加盟商的利益，也会给特许人带来经济损失和法律纠纷。例如，一些加盟商在发现特许人未备案后，可能会对特许人的招商资格和特许经营能力产生质疑，要求解除合同并退还费用，这将给特许人带来巨大的经济压力和声誉损害。
未备案在纠纷中处于不利地位
在特许经营活动中，如果未进行商业特许经营备案，企业在纠纷中可能处于不利地位。例如，在遭遇商标 “撤三”申请等争议情况时，需提供商标使用证据以证明其持续使用及知名度。若商标信息变更后未及时备案，提交的使用证据可信度将降低，从而在纠纷解决中处于不利地位。
在与加盟商发生纠纷时，未备案的合同在法律上可能被视为无效或效力待定，影响合同的执行。例如，在退还加盟费等纠纷中，未备案的合同可能无法为企业提供足够的法律支持，增加企业败诉的可能性。
未备案降低企业可信度
不进行商业特许经营备案会降低企业的可信度。商业特许经营备案本质上是一个事后告知性行为，通过备案实行网上公告制度，只要通过备案的企业都会通过政府网站予以公告，通过备案对被特许人的加盟决策起到一定的积极引导作用。如果已经从事特许经营但却没有备案，投资人将会对特许人的招商资格和特许经营能力产生质疑。
例如，在市场竞争中，投资者和加盟商在选择合作对象时，通常会优先考虑备案的企业。未备案的企业可能会被认为缺乏法律意识和规范经营的能力，从而降低企业的市场竞争力和可信度。这不仅会影响企业的招商效果，还可能影响企业的长期发展。
没有进行商业特许经营备案会带来诸多严重后果，包括面临法律处罚、影响企业分公司批准或年检、导致特许经营合同风险、在纠纷中处于不利地位以及降低企业可信度等。从事商业特许经营的企业应高度重视备案工作，严格遵守相关法律法规，确保企业的合法合规经营和可持续发展。