互联网药品信息服务资格证的经营性和非经营性之间存在明显的区别，主要体现在以下几个方面：
性质不同：
经营性互联网药品信息服务：通过互联网向上网用户有偿提供药品信息等服务的活动，如收取广告费、会员费等。其主要目的是获取经济利益，提供的服务可能包括药品广告、药品信息发布、药品交易等。
非经营性互联网药品信息服务：通过互联网向上网用户无偿提供公开的、共享的药品信息等服务的活动，如提供药品信息、用药咨询等。其主要目的是提供公共服务和便利。
服务方式不同：
经营性互联网药品信息服务：主要通过互联网向用户提供药品广告、药品信息发布、药品交易等服务，这些服务往往带有经济收益的性质。
非经营性互联网药品信息服务：主要通过互联网向用户提供药品信息查询、用药咨询等服务，这些服务通常是免费的，旨在提供公共服务和便利。
申请条件和材料：
对于拟提供互联网药品信息服务的网站，无论经营性还是非经营性，都需要在申请经营许可证或办理备案手续之前，向网站主办单位所在地省、自治区、直辖市（食品）药品监督管理部门提出申请，并经过审核同意后取得提供互联网药品信息服务的资格。
申请条件包括：互联网药品信息服务的提供者应当为依法设立的企事业单位或者其它组织；具有与开展互联网药品信息服务活动相适应的专业人员、设施及相关制度；有两名以上熟悉药品、医疗器械管理法律、法规和药品、医疗器械专业知识，或者依法经资格认定的药学、医疗器械技术人员。
申请材料包括：企业营业执照复印件（新办企业提供工商行政管理部门出具的名称预核准通知书及相关材料）；网站域名注册的相关证书或者证明文件；网站栏目设置说明（申请经营性互联网药品信息服务的网站需提供收费栏目及收费方式的说明）；网站对历史发布信息进行备份和查阅的相关管理制度及执行情况说明等。
监督管理：
国家药品监督管理局对全国互联网站从事药品信息服务的活动实施监督管理。
省、自治区、直辖市药品监督管理局对本行政区域内互联网站从事药品信息服务的活动实施监督管理。
资格证书有效期：
《互联网药品信息服务资格证书》有效期为5年。
提供互联网药品信息服务的网站，应当在其网站主页显著位置标注《互联网药品信息服务资格证书》的证书编号。
