公司申请软件著作权有两种方法，一种是由第三方代理公司授权委托申请，另一种是公司自主申请，无论哪一种方法都需要满足申请办理标准。
四川地区软件著作权申请程序流程详述：
1、编写、修改、打印操作手册及编码文件：申请者若在源代码和文档的文章标题上标明了申请软件的名称和版本信息，则应与申请表的相对应內容保持一致，源代码的页数应在右上方标明，每页不可低于50行，Zui后一页应是程序流程的结束页，文档的每页不可低于30行，有图的除外。源代码程序流程和文件应提交前后各连续30页，不够60页的，应全部提交。
2、在网络上填写申请表：在我国版权保护管理中心的网站上，Zui先开展用户注册，随后用户登陆，线上填写完计算机软件著作权申请表后，确定，提交，并在线打印此申请表。
3、微信预约：现场预约时间提前，微信关注中国版权服务项目微平台，登记预约(预约人和登记人必须实名验证，必须是同一个人)。
4、申请文件提交：申请者应按要求提交纸质登记申请文件。
5、登记机构受理申请：申请文件符合受理条件的，登记机构应当当日受理，并向申请人发出受理通知书；不符受理条件的，应在当日修改后再次预约办理时间再办理。
6、核查：核查符合《计算机软件著作权登记办法》要求的，给予登记；不符合规定的，不予登记。如申请文件有瑕疵，申请人或代理人应于30个工作日内按补正通知书规定提交补正原材料，逾期不提交的，视作撤回申请。