在发现虚开发票行为后，企业应采取以下步骤进行内部调查：
收集证据：应当收集所有涉嫌虚开的发票及相关的财务记录。这包括但不限于发票原件、会计凭证、银行交易记录等。确保所有证据的真实性和完整性。
审查流程：审查企业内部的开票流程和管理制度，找出可能的漏洞和违规环节。这可能涉及对内部控制系统的评估，以及对员工职责和权限的核查。
分析数据：对比财务报表和业务数据，分析增值税发票开具情况，识别出异常或可疑的开票模式和交易。
锁定问题：根据数据分析的结果，锁定涉及虚开发票的“问题企业”或个人，并对其进行重点调查。
询问当事人：与涉嫌虚开发票的员工或合作伙伴进行面谈，了解他们的行为动机和具体情况。
法律咨询：在调查过程中，应及时寻求法律顾问的帮助，确保调查方法合法合规，并为后续可能的法律行动做准备。
报告结果：将调查结果整理成报告，详细记录调查过程、发现的问题以及相关的证据。
纠正措施：根据调查结果，采取必要的纠正措施，如修订内部控制制度、加强员工培训、调整人员职责等，以防止类似事件发生。
持续监督：加强日常监督和审计，确保所有开票活动都符合法律法规和企业政策。
外部审计：如果必要，可以聘请外部审计机构进行独立审计，以增加调查的公信力。
通过以上步骤，企业可以有效地进行内部调查，查明虚开发票的事实，采取相应的补救措施，并向有关当局报告情况。企业还应从制度和文化层面加强管理，提高全员的法律意识，防止类似问题发生。在整个过程中，企业应严格遵守相关法律法规，确保调查的正当性和有效性。
