菌丝即单条管状细丝，为大多数真菌的结构单位。它是由孢子萌发成芽管，再由芽管不断生长成丝状或管状的菌体，可以不断地延伸和分枝，有隔膜或无隔膜两种。有隔膜的菌丝称为有隔菌丝，无隔膜的菌丝称为无隔菌丝。一些原核生物也有菌丝，如放线菌。
菌丝细胞的分裂生长多在每条菌丝的顶端进行。菌丝在基质中或培养基上蔓延伸展，反复分枝网状成菌丝群。很多菌丝聚集在一起组成真菌的营养体。
菌丝通过顶端生长而延伸，通过侧生而分枝。埋入基质中以吸取营养为主的菌丝称营养菌丝，有的种类还可分化成假根、吸器等构造；伸展在空间的菌丝称气生菌丝，成熟后可分化成各种形式的产孢子构造，如放线菌的孢子丝或真菌中的子实体。
分类
1）真菌菌丝
1、无隔菌丝
即管状细丝无横隔膜，内含多个细胞生核，低等真菌的菌丝都是无隔菌丝。无隔菌丝可视为一个单细胞，具有多个细胞核，如低等真菌中的根霉、毛霉、水霉等的菌丝。
2、有隔菌丝
即菌丝具很多横隔壁，将其分隔成多个细胞，每个细胞中有1个、2个或多个细胞核。如青霉、曲霉、蘑菇等的菌丝。有隔菌丝的横隔膜在结构上还存在很多差异，如有的横隔膜为全封闭式的，有的横隔膜在中央有1个小孔，有的具多个小孔，还有的为隔膜中央的小孔边缘增厚，形成桶状，称做桶孔隔膜等。
2）放线菌菌丝
1、基内菌丝
基内菌丝匍匐生长于营养基质表面或伸向基质内部，它们象植物的根一样，具有吸收水分和养分的功能。有些还能产生各种色素，把培养基染成各种美丽的颜色。
2、气生菌丝
气生菌丝是基内菌丝长出培养基外并伸向空间的菌丝。在显微镜下观察时，一般气生菌丝颜色较深，比基内菌丝粗；而基内菌丝色浅、发亮。有些放线菌气生菌丝发达，有些则稀疏，还有的种类无气生菌丝。
关于菌丝，北京清析技术研究院可提供菌落检测、营养成分、拉伸性能、成分分析、菌丝活力检测、生长速度检测、分泌物检测、电镜检测、免疫荧光检测等检测项目。北京清析技术研究院可对灵芝菌丝、真菌丝、虫草菌丝、蘑菇菌丝、孢子菌丝、菌丝粉、香菇菌丝等进行检测。
检测标准
1、T/FDSA 036-2023 灵芝菌丝粉
2、T/SHMHZQ 012-2022 灵芝菌丝体粉
3、T/CASME 1280-2024 防勾丝抗菌丝袜
4、KS P ISO 17218-2016(2021一次性使用无菌丝状针灸针
5、T/QCSA 2-2023 《化妆品用品 冬虫夏草菌丝粉》
6、T/QCSA 3-2023 《化妆品用品 冬虫夏草菌丝液》
7、T/CIET 244-2023 “领跑者”标准评价要求灵芝菌丝粉
8、T/CCCMHPIE 1.63-2021 植物提取物蝙蝠蛾被毛孢菌丝体提取物
9、KS K 0691-2013布料防霉性能测试方法：菌丝垫降解法（培养皿）
10、GB/T 38480-2020微生物源抗生素类次生代谢产物抗真菌活性测定 菌丝生长速率法
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