公司转让协议书需要包括以下基本内容：协议签订地协议双方，转让款的支付，股权的转让，双方的权利义务，违约责任协议的变更和解除，转让标的及价款等。
谈及公司转让协议书，目前我国税制改革的一大目的是要在保障国家税收与保护纳税人权利这两个方面不断地寻求均衡，以期达到让税收法律制度更加合理、公平、有效的目的。但是，为了让公司转让协议书更加完善，就我国现行的税收法律制度而言，在纳税人权利保护方面做得还远远不够，“创收论”至今仍被公权力机关所推崇。
在签订公司转让协议书时，需要注意的是：
1.个体与公司是两个不同的法律主体。个体工商户不能够转让，转让公司的话只需将股权转让并办理相应工商变更登记手续即可。
2.为了尽可能规避前任遗留下来的税务和债务上面的纠纷，签订公司转让协议书时也要在合同里面阐述税务和债务的问题，出于安全考虑，可能的话也去公证处，进行公证。
3.出现税务纠纷时，合同被撤销或有效无效不是决定税款是否退还的关键！
4.利用关联关系逃避公司债务的情况时有发生，为了避免债务人的公司被搬空，债权人除了通过抵押、质押、财产保全等方式确保债权的实现，同时应当密切关注公司的财产变化情况。
