与世界其他国家一样，日本公司也有很多类型，而这些公司类型既可以从注册方式上划分，也可以从组织类型上划分。而不同的划分方式，也带来了不同的商业效果。从注册方式上来看，日本公司可以划分为法人、分店及代表处。这三种注册方式各自的特点为：
1、日本法人
注册为日本法人，就是以公司或个人名义，在日本设立一家全新的公司，并以此公司为平台开展相关业务。而该公司的组织形式，也可以选择注册为株式会社（股份有限公司）或有限责任公司。
在日本注册为法人的优势十分明显，由于株式会社是日本商业社会中常见的公司组织形式，能够获得较多的社会信任，并能以该公司名义在日本开立账户。当株式会社发展至一定阶段，还可以向公众发行股票，在资本市场上市，以获得更多资本的支持。而株式会社及有限责任公司在日本法律中被视为“法人”，这类型的日本公司其法律责任不会波及境外法人或本国投资人（即公司持有人仅承担有限责任）。
2、日本分店
在日本开设分店（分公司）也是在日本开展业务的方式之一。依据日本现行的法律法规，日本政府允许境外法人以在日本设立分店的形式，开展日本境内的业务。与注册为日本法人一样，日本分店也可以开立日本银行账户，并在合法范围内开展商务活动。
但日本分店从法律关系上来说，是境外法人组织的一部分，在向日本政府进行税务申报活动中，将以境外法人的资本总额为基数，从而带来较高的税务支出。如果某境外法人在日本注册的分店涉及法律事务，也将波及到境外的法人实体。
3、日本办事处
与中国内地一样，日本政府也承认“办事处”这一特殊商业行为（但办事处的设立无需向日本政府提出注册），而办事处原则上也不允许开展实际营业活动，但允许进行信息收集、广告宣传、采购物资、市场调研等非经营性工作。
由于办事处不允许实际经营，也不能在日本银行开立账户，但其代表者可以开立私人账户。的，日本办事处的商业信誉。
