一、企业申报的领域问题
企业填报申报高新技术企业系统时技术领域选择错误。
二、核心自主知识产权问题
专利为实用新型或外观设计专利，未发挥核心支持作用的专利，技术含金量不高，无法取得高分甚至会不得分；
专利取得为外购或者权利转让，部分企业不经过消化吸收直接应用生产，缺乏研发过程。
三、企业人员问题
科技人员工作时间难确定：企业联合外地科研单位外聘科研人员时，难以判断外聘人员能否符合到岗183天的时间要求；
四、高新技术收入占比问题
产品的证明材料不足，检测报告不能支撑产品的技术性、创新性，不能被专家认可，剔除后导致高新收入占比不够。
五、主要产品收入不足高新产品收入的50%
企业知识产权数量有限，高新产品收入归集存在问题等原因，造成主要产品收入不足高新技术产品收入的50%，不符合必要的申报条件；
六、研究开发管理制度文件千篇一律
不能根据企业的实际情况制定制度文件，全部为网上模板，实际得分1-2分，极大降低高新技术企业评分总分。
七、缺少重要证明材料
有的企业提供的是增值税纳税申报表，有的提供的是企业所得税季报申报表；
因压缩技术不佳，上传资料存在缺漏。
八、财务存在问题
年度审计报告中注册会计师出具审计意见为“保留意见”；
企业自行修改纳税申报表，存在作假问题。
九、产品销售与发票开具问题
发票不开具高新产品名称，销售收入归集难：高新技术产品销售开票项目只写统称，仅在规格栏中注明代码，发票对应销售收入难以鉴别是否属于高新产品；
十、研发费用核算归集问题
研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例符合如下要求：
*近一年销售收入小于5,000万元（含）的企业，比例不低于5%；
*近一年销售收入在5,000万元至2亿元（含）的企业，比例不低于4%；
*近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。
