个人独资企业和个体工商户主要区别在以下几个方面：
1、设立机构：
个人独资企业是在所属区政务服务中心设立，而个体工商户设立是在各区市场监管所个体登记窗口；
2、组织性质：
个人独资企业是企业性质，符合企业特质，而个人工商户是属于“个人”；
3、发展灵活度：
个体户无法开分店，个人独资企业可以开设分支机构；
4、行业限制：
个体户不允许从事某些行业，如个人独资企业可以办理进出口权做外贸而个体户不行；
5、财务制度：
同样要记账报税，但个人独资企业必须建立财务制度，而个体户可以不用，但依然要建立相应账簿，只是相对没有那么规范；
6、适用法律：
个体工商户受《个体工商户条例》保护和约束，而个人独资企业则要遵循《个人独资企业法》；
7、税收角度：
在税收方面，个体工商户通常是定额征收，很多工商户营业额少的，相对缴纳的税也少。个人独资企业可以定额征收也可以核定征收或者查账征收。两者在税收方面并没有太突出的区别优势。一般情况下小规模有税收优惠，但在一些情况下，不管是个体户还是个人独资企业也同样可以享受。