根据民办非企业单位的不同种类，民办非企业单位所共同享有的合法权益主要有以下几种：
（1）财产权，包括物权和债权，这是作为民事主体的民办非企业单位的一项重要的民事权利，财产是民办非企业单位开展活动的物质保障，也是民办非企业单位承担民事责任的物质担保。对于财产权的保护，本条例专门作出了规定，对于民办非企业单位的财产，任何单位和个人不得侵占、私分或者挪用，并对违反者设定了法律责任。除了本条例的规定外，如果民办非企业单位的合法财产受到侵害或者损害，民办非企业单位可以依照民法通则的规定向法院起诉，要求法院给予司法救济。法院可以通过判决侵权人返还财产，恢复原状或者损害赔偿等方式，来保护民办非企业单位的财产权。
(2)名称权，这也是民办非企业单位的一项重要的权利。名称是民办非企业单位区别于其他法律主体的重要特征，依法受到保护，任何其他单位不得冒用。
(3)名誉权，拟制法律主体就如自然人一样，也享有名誉权，他人不得毁损民办非企业单位的名誉，否则，民办非企业单位可以依法提起诉讼保护自己的名誉，并可以就因此遭受的损失要求赔偿。
（4）知识产权、必括著作权、专利权、商标权等。民办非企业单位广泛分布于教育、科技、文化、卫生等社会事业和服务领域．多数属于从事具有较高知识含量的服务活动。在知识经济时代，知识产权对于民办非企业单位的发展十分重要，而在实践中民办非企业单位的知识产权受到侵害的情况经常发生，所以，应当注意对其知识产权的保护。
(5)依法享受减免税的权利。民办非企业单位是非营利性的提供社会服务的组织，它的性质决定了它应当根据其从事的事业而相应地享有一定的减免税的待遇，如果法律确定了民办非企业单位可以享有的减免税的权利，应当注意保护这种权利。
(6)诉权，又称诉讼请求权，是指民事权利主体依法享有的请求法院给予司法救济的权利。民办非企业单位作为民事法律关系主体的一种，无论其何种合法权益受到侵害的时候，它均可以向法院提起诉讼，请求法院保护自己的合法权益。诉权虽不是实体权利，而且诉权也当然不意味着胜诉，但它是其他权利得到保障的重要条件，所以也是非常重要的一种权利。
