在爱沙尼亚注册企业有5个基本步骤：
（1）为所设立的企业注册名称。《爱沙尼亚商法》规定，新设立的企业名称和商标必须和已在爱沙尼亚商业注册局注册的企业名称有明显区别，否则商业注册局将拒绝注册该公司。为避免企业名称出现雷同，可事先在爱沙尼亚注册信息中心网站查询（网址：www.rik.ee）。
（2）在银行存入初始资本金，并取得银行的付款证明。在注册公司之前，必须支付全额的授权资本金，银行提供可在商业注册局作为证明的凭证。公司注册后，该起始账户可转成供该公司日常经营用的账户。除公司章程规定以实物捐助外，股份必须用现金支付。
（3）向商业注册局提交注册申请。根据2007年1月生效的《爱沙尼亚公司法修正案》，公司的董事会可在形成公司成立协议后一年内，向商业注册局提交注册申请书。按照法律规定，注册局收到申请书后，须在15天内审查完所提交的申请书。但特殊情况下，时间可延长至3个月。注册完成后，10天之内可收到通过邮递发出的通知书。注册人应将注册费支付到税务局的账户上。
（4）在爱沙尼亚国家税务局进行增值税登记。公司的管理委员会必须填写申请公司注册的表格，使公司承担向税务和海关部门缴纳增值税的责任。公司纳税营业额超过1.6万欧元之日起3天内（从公历年度开始之日算起），应缴纳增值税（除进口货物之外）。税务和海关部门须在填写申请注册书后3天内完成注册。增值税税率为20%。
（5）在爱沙尼亚中央疾病基金会注册。在爱沙尼亚，医疗保险是强制性保险。按照规定，雇主须依法为雇员交纳社会税。在雇用之日起7天内，雇主必须为所有新雇员、董事会成员和合同工在疾病基金会注册。自下一个应税期当月的第10天开始，雇主必须为雇员支付33%的社会税。
