马德里商标注册的缺点
1、必须以国内基础注册为前提马德里注册必须以国内商标注册或者国内商标注册申请为基础。在《马德里议定书》项下，申请必须基于相同商标的国内注册或初步申请公告；在《马德里议定书》项下，申请必须基于相同商标的国家注册申请，因此在申请的时间上有一定的限制。
2、“中心打击”原则通过商标马德里国际注册程序注册的商标，如果在注册之日起5年之内，基础注册或申请全部或部分被驳回、撤回、注销、撤消、放弃或宣布无效，那么其效力及于所有指定国，即该商标不得再要求国际注册给予的保护，而不管该商标的国际注册是否已经被转让，这项规定被称为“中心打击”原则。
好在通过《马德里议定书》进行的国际注册，可以自该商标被撤消之日起三月内，向所指定的议定书成员国商标主管机关提交一份申请，并按照各成员国的规定缴纳一定的费用，将该商标的国际注册转换为在该国家的国家注册。
3、没有统一的注册证国际局在收到国际注册申请后会颁发一张国际注册证，但其效力仅类似于国内的受理通知书，美国、日本商标局对马德里商标会下发商标注册证书，其余大多数缔约方的商标主管机关在审查通过注册之后一般下"发给予保护声明"，在商标被全部或部分驳回的情况下，会向申请人发出驳回通知书。
4、缺少后续程序对于在各缔约方被驳回或被异议的国际注册申请，国际局不负责转交申请人需要向缔约方提交的复审或答辩书件，只能由申请人委托该缔约方认可的代理机构递交。
5、注册国家数量有限截至目前，马德里体系的缔约方有94个，一些重要的国家还没有加入该体系，诸如北美、南美、中东、非洲、东南亚等地区的一些国家还徘徊在该体系之外，在很多情况下，国内申请人不得不同时选择通过马德里体系和逐一国家申请两种途径来申请商标。
6、无法享受到《巴黎公约》规定的优先权要通过商标国际注册马德里协定进行商标的国外注册，无法享受到《巴黎公约》规定的优先权。因为马德里协定要求以基础注册为前提，而要完成基础注册，一般都需要一年以上的时间，超出六个月的优先权期限了。
