传输层主要负责FIS帧信息结构的封装与解封。
1）传输层接收到来自应用层的数据传输操作请求后，将相关寄存器中信息按SATA协议规定的标准格式封装为FIS传递给链路层。当链路层正确接收完成后，能给传输层反馈成功完成本次传输的信号。
2）传输层接收到来自链路层的SOF信号后，能接收FIS信息帧，并能判断该FIS的类型，根据FIS类型，判断该FIS是否是有效的FIS。如果是则将该FIS中的命令和数据等按照SATA协议规定进行解析，映射到各个寄存器中，能通知应用层接收相应寄存器的值。如果该FIS无效，则丢弃。
2.2.6 应用层分析
应用层能够进行接受来自主机端的命令，根据命令的要求将自身的信息发送给主机端，或是接收来自主机端的以PIO或DMA方式传输的数据,写入闪存中，也能从闪存中以PIO或DMA的方式读出数据，传送给主机端。
在应用层采用两个FIFO对数据进行缓冲，一个为读FIFO，一个为写FIFO。应用层能接收来自传输层的数据帧送入写FIFO中或将来自总线的数据保存在读FIFO中，通知传输层构造数据帧。 