申请商务特许经营备案，规定是企业和加盟商签订份合同的15个工作日内，去当地的商务局进行备案，如果没按照规定去申请商业特许，一旦被核查，可能会面临1-20万不等的罚款。
商业特许经营备案办理需要“两店一年”证明材料、合法合规的特许经营合同、特许经营资源证明等，并且上述材料还需要符合主管部门要求的特定形式，一般需要通过初审、复审后才能在商务部网站公示，获准备案。
每个省份的要求不一样，大致的流程如下：
步：准备好所有的材料；
二步：在网上提交材料，审核通过后；
三步：现场交接材料，备案公示。
二、特许加盟许可证办理需要多长时间
一般如果连锁企业是自己进行特许经营备案申请的话需要6－12个月的时间，如果是找专长的平台时间会更短，比如一帜连锁企业为连锁企业进行特许经营备案申请只需要1－3个月时间。
特许经营有如下特征：
1、特许人必须是拥有注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源的企业（以下称特许人），以合同形式将其拥有的经营资源许可其他经营者（以下称被特许人）使用，被特许人按照合同约定在统一的经营模式下开展经营，并向特许人支付特许经营费用的经营活动。企业以外的其他单位和个人不得作为特许人从事特许经营活动。
2、特许人从事特许经营活动应当拥有成熟的经营模式，并具备为被特许人持续提供经营指导、技术支持和业务培训等服务的能力。特许人从事特许经营活动应当拥有至少2个直营店，并且经营时间超过1年。
3、特许人应当自订立特许经营合同之日起15日内，依照本条例的规定向商务主管部门备案。
4、被特许人按照合同约定在统一经营体系下从事经营活动，并向特许人支付特许经营费用。
5、从事特许经营活动，特许人和被特许人应当采用书面形式订立特许经营合同。
